### R code from vignette source 'pedgene.Rnw'

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### code chunk number 1: desc
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options(width = 100)
desc <- packageDescription("pedgene")


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### code chunk number 2: pedgene.Rnw:43-44
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library(pedgene)


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### code chunk number 3: exdata
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data(example.ped)
example.ped[c(1:10,31:39),]
data(example.geno)
dim(example.geno)
example.geno[,c(1:2,10:14)]
data(example.map)
example.map


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### code chunk number 4: ccbase
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pg.cc <- pedgene(ped=example.ped, geno=example.geno, map=example.map)

print(pg.cc)


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### code chunk number 5: cccov
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binfit <-  glm(trait ~ (sex-1),data=example.ped, family="binomial")

example.ped$trait.adjusted[!is.na(example.ped$trait)] <- fitted.values(binfit) 
example.ped[1:10,]

pg.cc.adj <- pedgene(ped=example.ped, geno=example.geno, map=example.map)

summary(pg.cc.adj, digits=4)


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### code chunk number 6: continuous
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set.seed(10)
cont.ped <- example.ped[,c("famid", "person", "father", "mother", "sex")]
beta.sex <- 0.3
cont.ped$trait <- (cont.ped$sex-1)*beta.sex + rnorm(nrow(cont.ped))

pg.cont <- pedgene(ped = cont.ped, geno = example.geno, map = example.map)
print(pg.cont, digits=4)


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### code chunk number 7: continuousadj
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gausfit <-  glm(trait ~ (sex-1),data=cont.ped, family="gaussian")

cont.ped$trait.adjusted <- fitted.values(gausfit) 
cont.ped[1:10,]

pg.cont.adj <- pedgene(ped=cont.ped, geno=example.geno, map=example.map)

summary(pg.cont.adj, digits=5)


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### code chunk number 8: pedgene.Rnw:179-180
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toLatex(sessionInfo())